Το Ασκληπιείο ήταν χτισμένο σε τρία επίπεδα. Καθένα είχε διαφορετική χρησιμότητα.
Πρώτο επίπεδο
Διέθετε πρόπυλο (είσοδο) με 24 σκαλοπάτια και 4 κολώνες. Στέγαζε δωμάτια θεραπείας/συμβουλευτικής, πηγές (για θεραπευτικά τελετουργικά) και ρωμαϊκά λουτρά. Δεν είναι βέβαιο, όμως πιστεύεται ότι σε αυτό το επίπεδο λειτουργούσε η ιατρική σχολή.
Δεύτερο επίπεδο
Το δεύτερο επίπεδο ήταν ξακουστό για τους ναούς του. Τα ερείπια του ναού του Ασκληπιού από τον 4ο αιώνα π.Χ. είναι τα παλιότερα στο χώρο ενώ οι επτά στήλες του ναού του Απόλλωνα, πατέρα του Ασκληπιού, έχουν αναστηλωθεί και συντηρηθεί προκειμένου να φέρουν πίσω στη ζωή λίγη από τη λάμψη του.
Τρίτο επίπεδο
Μια σκάλα με 60 σκαλιά οδηγεί στον μεγαλύτερο ναό, ο οποίος ήταν αφιερωμένος στον Ασκληπιό. Σε κάθε πλευρά του υπήρχε μια δωρική στοά με δωμάτια για επισκέπτες και ασθενείς. Εδώ υπάρχουν ακόμα τα ερείπια μιας προ-Χριστιανικής εκκλησίας, αφιερωμένης στην Παναγία Τάρσου. Από εκεί άλλα σκαλιά οδηγούν σε ένα δάσος από κυπαρίσσια και πεύκα με θέα τη θάλασσα αφιερωμένο στον Απόλλωνα.
Ο πλάτανος του Ιπποκράτη
Κανένας δε φεύγει από την Κω, αν δεν έχει δει τον πλάτανο, κάτω από τον οποίο δίδασκε ο Ιπποκράτης πριν από 24 αιώνες. Το δέντρο πίσω από το Κάστρο της Νερατζιάς δίπλα στην αρχαία αγορά της Κω έχει διάμετρο 4,7 μέτρα, ενώ ο ίσκιος του καλύπτει περίπου μια έκταση 12 μέτρων.
Μουσείο Ιπποκράτειου Ιδρύματος & Βοτανικός Κήπος
Περίπου μισό χιλιόμετρο ανατολικά θα βρεις το Διεθνές Ιπποκράτειο Ίδρυμα της Κω. Έχει χτιστεί εκεί που λέγεται ότι γεννήθηκε ο Ιπποκράτης. Εδώ υπάρχει μουσείο ιατρικής και βοτανικός κήπος με περισσότερα από 100 θεραπευτικά φυτά και βότανα.